Het leven van de dertigjarige Willard Stiles (Crispin Glover) is één grote val geworden. Hij wordt achtervolgd door de geest van zijn overleden vader, daarbij stikt hij door het psychologische koord dat hem bij zijn moeder en hun zelden deftig huis houdt. Willard is helemaal niet in staat om contact te maken met de mensen rondom hem. Hij werkt in een kantoor van Martin Stiles Manufacturing. De enige reden dat hij een job heeft, is dat zijn overleden vader een overeenkomst heeft gesloten met zijn vennoot Frank Martin (R. Lee Ermey). Hij laat dan ook Willard elke dag aan deze last herinneren.
Maar Willard doet een akelige ontdekking: hij deelt een sterke band met de ratten die in zijn kelder wonen. Ineens heeft Willard vrienden ... honderden. De mooie interim Cathryn (Laura Elena Harring), binnengebracht door meneer Martin om Willard zijn onbekwaamheid te dekken, helpt hem een handje. Maar zelfs wanneer ze de plaats inneemt van Socrates, Ben en de rest van het legioen van ratten die de kelder van de familie Stiles onveilig maken, blijkt dat Willard niet in staat is de ratten te doden.
De druk op Willard begint te groeien en te groeien, de basis van zijn leven begint te kraken en de muren dreigen in te storten. Wanneer de wereld van Willard ondersteboven staat van tragedie, moet hij instaan voor zijn snel groeiende bende van vreselijk, vraatzuchtige vrienden. Onder de oppervlakte is een storm aan het broeien en een duisternis wil zich ontketenen.