Geologe Sandy (Toni Collette) wordt opgezadeld met een Japanse man die ze vervelend en arrogant vindt. Deze Hiromitsu is voor haar echter van groot zakelijk belang, dus noodgedwongen vervult ze haar plicht. Sandy moet hem rondrijden om verschillende locaties te bezoeken in de Australische Pilbarawoestijn. Als ze echter stranden moeten ze zichzelf en de levensbedreigende situatie onder ogen zien. Het vereist vaardigheid om te overleven en Hiromitsu is zich daar nog niet genoeg van bewust. Met zoveel ruimte en zo weinig mensen in de buurt, blijkt het dat ze elkaar hoe dan ook nodig hebben en dat ze elkaars aanwezigheid moeten accepteren. De culturele en sociale barrières worden langzaamaan beslecht en hun levens zullen nooit meer hetzelfde zijn. De zoektocht naar persoonlijke ontplooiing, wederzijds begrip en levensbehoud in de woestijn maakt van Japanese Story een uitzonderlijk avontuur.