Generator Rex: Agent of Providence is een nieuw avontuur van tekenfilmheld Rex. De held van Cartoon Netwerk is een tiener die door genetische manipulatie is omgebouwd tot het ultieme wapen. In dit spel moet Rex strijden tegen de tijd, want de gemene Van Kleiss staat op het punt om samen met zijn handlangers en zijn superkrachten de aarde over te nemen en te vernietigen! De vijanden van Rex zijn de Exponentiaal Vijandelijke Organismen, ofwel de E.V.O's. Zij zijn de lui waarvoor je moet oppassen, maar waarmee je in dit spel ook veel lol kunt beleven. Je moet oppassen omdat zij een virus bevatten dat er voor kan zorgen dat de host in een beest verandert. Een organisatie genaamd Providence moet de E.V.O's bestrijden met de hulp van Rex. Rex moet vechten op verschillende locaties op de aarde op zoek naar blaauwdrukken voor betere wapens. Het uiteindelijke doel is natuurlijk de operatie van Van Kleiss stil te leggen!