Puzzelmeester Professor Layton en zijn leerling Luke zijn een nieuw mysterie op het spoor gekomen. Het is aan hen om zich een weg door tal van puzzels te banen om er achter te komen wie - of wat - de dood van Professor Laytons mentor, Dr. Schrader, op het geweten heeft. Was het de mysterieuze Elysian Box, waarvan de legende gaat dat eenieder die hem opent, de dood vindt? Professor Layton en Luke vinden een aanwijzing die hun avontuur in beweging zet: een treinkaartje voor de Molentary Express.\n\n- Professor Layton and Pandora's Box bevat meer dan 150 nieuwe hersenkrakers, raadsels en logicapuzzels die je zullen uitdagen en verrukken.\n- Naast de puzzels in het spel, zullen spelers met een breedbandinternetverbinding die hun Nintendo DS of Nintendo DSi met de Nintendo Wi-Fi Connection verbinden, toegang krijgen tot downloadbare bonuspuzzels. Tot en met 33 weken na de lancering van het spel zal er elke week een nieuwe puzzel verkrijgbaar zijn.\n- Het nieuwe spel bevat een aanzienlijk grotere hoeveelheid ingesproken dialogen en animatiescènes dan het eerste spel met Professor Layton.