In het zesde seizoen van Flikken Rotterdam krijgt het team te maken met grootschalige drugscriminaliteit en de ondermijning die daarmee gepaard gaat. De familie Visser -onder leiding van Arjan Visser- die zich voordoet als een eenvoudige garagehouder, heeft Rotterdam Zuid als territorium. Ze bezitten een paar winkels in Rotterdam waarmee ze hun drugsgeld witwassen. Tevens lokken ze jongeren de criminaliteit in met forse contante betalingen. Koshi en Harm zijn twee van die jongeren. Ze halen drugs uit containers in de haven en komen na een overval op zo’n uithaal in het bezit van honderd kilo coke. Wanneer ze die proberen te verkopen, raken ze ernstig in de problemen.
Hein is getuige van de moord op een gemeenteraadslid van Rotterdam die waarschuwt tegen de praktijken van de familie Visser en de corruptie binnen de gemeente die daarmee gepaard gaat. De bezorgdheid van het raadslid leek overdreven, maar als blijkt dat er via een notaris geld naar ambtenaren wordt gesluisd in ruil voor vergunningen, wordt duidelijk dat hij het bij het rechte eind had. Er wordt een team opgezet om de criminele familie Visser en hun corrupte contacten ten val te brengen. Het team krijgt ondersteuning van Paul Beijerland, een fanatiek bestrijder van de ondermijning van de rechtsstaat.
In de strijd tegen de familie Visser blijkt dat er politie-informatie wordt gelekt naar Arjan Visser. Teamchef Hooi licht de rijksrecherche in en er wordt een onderzoek opgezet. Als het resultaat van dat onderzoek op zich laat wachten, gaat officier van justitie Hein Berg zelf op onderzoek uit. Dat leidt tot onverwachte resultaten.
Koshi en Harm raken steeds dieper in de criminaliteit verzeild en vallen opnieuw voor de mooie beloftes van Arjan Visser, die hen vervolgens alles afhandig maakt wat ze hebben. Maar hij heeft de twee schromelijk onderschat. In de laatste aflevering zijn zowel het team van Flikken Rotterdam als de twee jonge criminelen op jacht naar Arjan Visser, die op het punt staat om met zijn miljoenen te verdwijnen naar een belastingparadijs.